Arrêt maladie d'un salarié en France : règles et indemnités

L’arrêt maladie d’un salarié met en jeu trois acteurs : le médecin qui le prescrit, l’Assurance maladie qui verse des indemnités journalières, et l’employeur qui complète souvent le salaire. Chacun a ses délais et ses règles, et plusieurs ont changé en 2025 et en 2026 : formulaire obligatoire, plafond des indemnités, durée maximale des prescriptions.

Voici ce qu’un employeur de PME doit savoir au 5 octobre 2026, avec un exemple chiffré.

Ce que le salarié doit faire

Le salarié qui tombe malade doit transmettre son avis d’arrêt de travail dans les 48 heures : les volets 1 et 2 à sa caisse d’assurance maladie, le volet 3 à son employeur. Le médecin peut aussi transmettre l’arrêt en ligne à la caisse ; le salarié reste alors chargé d’envoyer sa partie à l’employeur. Ce délai de 48 heures conditionne aussi le maintien de salaire par l’employeur (article L1226-1).

Depuis juillet 2025, un arrêt prescrit sur papier doit l’être sur le formulaire Cerfa sécurisé. Selon l’Assurance maladie, les formulaires non sécurisés sont rejetés. Si un salarié vous remet une photocopie ou un ancien modèle, invitez-le à vérifier auprès de son médecin.

Le salarié n’a pas à vous indiquer la nature de sa maladie. Vous recevez un volet sans information médicale.

Nouveau en 2026 : la durée des arrêts est plafonnée

La loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 (article 81) a encadré pour la première fois la durée des prescriptions. Depuis le 1er septembre 2026, selon l’Assurance maladie, un arrêt initial ne peut pas dépasser 31 jours et chaque prolongation 62 jours. Le médecin peut aller au-delà s’il justifie la nécessité d’un arrêt plus long, en tenant compte des recommandations de la Haute Autorité de santé lorsqu’elles existent. Le motif de l’arrêt doit aussi figurer systématiquement sur la prescription.

Pour l’employeur, la conséquence pratique est qu’un arrêt long arrivera désormais en plusieurs prolongations successives. Chaque prolongation doit être suivie : date de fin, date de reprise prévue, éventuelle visite de reprise.

Qui paie, et à partir de quel jour ?

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale

L’Assurance maladie verse des indemnités journalières (IJSS) après un délai de carence de trois jours : le paiement commence au 4e jour d’arrêt. La carence ne s’applique pas, notamment, quand la reprise du travail entre deux arrêts n’a pas dépassé 48 heures, ni aux arrêts successifs liés à une affection de longue durée (ALD) : la carence ne joue alors que sur le premier.

L’indemnité est égale à 50 % du salaire journalier de base. Celui-ci se calcule en additionnant les salaires bruts des trois mois précédant l’arrêt, puis en divisant par 91,25. Les salaires pris en compte sont plafonnés à 1,4 fois le Smic mensuel. Selon Ameli, l’indemnité maximale est de 42,97 € brut par jour pour les arrêts prescrits depuis juillet 2026, après la revalorisation du Smic au 1er juin 2026.

Pour y avoir droit sur un arrêt de moins de six mois, le salarié doit avoir travaillé au moins 150 heures au cours des trois mois précédents, ou avoir cotisé sur un montant minimum de salaire (1 015 fois le Smic horaire, selon Ameli). Les indemnités sont versées au maximum pendant 12 mois sur trois ans consécutifs, sauf affection de longue durée.

Le complément de salaire de l’employeur

L’article L1226-1 du Code du travail oblige l’employeur à compléter les IJSS si le salarié a au moins un an d’ancienneté, a justifié son arrêt dans les 48 heures, est pris en charge par la Sécurité sociale et est soigné en France ou dans l’Espace économique européen. Les salariés travaillant à domicile, saisonniers, intermittents et temporaires en sont exclus.

Le complément démarre au 8e jour d’arrêt : l’employeur applique sa propre carence de sept jours (article D1226-3). Il garantit 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue pendant les 30 premiers jours, puis 66,66 % pendant les 30 jours suivants, IJSS comprises. Ces durées augmentent de dix jours par période entière de cinq ans d’ancienneté au-delà de la première année, sans pouvoir dépasser 90 jours chacune (article D1226-2).

Beaucoup de conventions collectives sont plus favorables : suppression de la carence, maintien à 100 %, ancienneté requise plus courte. C’est alors la convention qui s’applique.

Exemple chiffré

Un salarié de trois ans d’ancienneté gagne 2 400 € brut par mois. Il est en arrêt maladie pendant 20 jours, sans convention plus favorable.

Les IJSS : 3 × 2 400 = 7 200 €, divisés par 91,25 = 78,90 € de salaire journalier de base. L’indemnité est de 50 %, soit 39,45 € par jour, sous le plafond de 42,97 €. Elle est versée du 4e au 20e jour, soit 17 jours : 17 × 39,45 = 670,65 € brut.

Le complément employeur : il est dû du 8e au 20e jour, soit 13 jours. En prenant une rémunération journalière de 2 400 / 30 = 80 €, la garantie de 90 % représente 72 € par jour. L’employeur verse la différence avec les IJSS, soit 72 − 39,45 = 32,55 € par jour, et 13 × 32,55 = 423,15 € brut sur l’arrêt.

Du 1er au 3e jour, le salarié ne perçoit rien ; du 4e au 7e jour, uniquement les IJSS. Ces trois et sept jours de carence expliquent pourquoi les accords qui suppriment la carence comptent autant pour les salariés. Votre gestionnaire de paie appliquera la méthode de calcul exacte prévue par votre convention, notamment si l’entreprise pratique la subrogation, c’est-à-dire si elle maintient le salaire et perçoit directement les IJSS.

Arrêt maladie et congés payés

Depuis la loi du 22 avril 2024, un salarié en arrêt maladie non professionnel continue d’acquérir des congés payés, à raison de deux jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours par période de référence (article L3141-5-1). À son retour, l’employeur doit l’informer dans le mois du nombre de jours dont il dispose et de la date limite pour les prendre (article L3141-19-3). Nous détaillons ces règles, et le report de 15 mois, dans notre guide du calcul des congés payés.

Autre point : dans un arrêt du 10 septembre 2025, la Cour de cassation a jugé qu’un salarié tombé malade pendant ses congés, et qui a notifié son arrêt à l’employeur, a droit au report des jours de congé qui coïncident avec l’arrêt. Le planning des congés doit donc pouvoir être corrigé après coup.

Ce que l’employeur doit organiser

L’arrêt suspend le contrat : le salarié ne travaille pas et vous ne pouvez pas lui demander de le faire. Il doit être déclaré en DSN par un signalement d’arrêt de travail, qui permet à la caisse de calculer les IJSS.

Au retour, une visite de reprise auprès de la médecine du travail est obligatoire après un arrêt pour maladie non professionnelle d’au moins 60 jours, au plus tard dans les huit jours qui suivent la reprise (article R4624-31). Pour une entreprise qui gère ses absences sur des tableurs et des e-mails, le plus dur est souvent de garder la trace : dates, prolongations, jours de carence, droits à congés acquis pendant l’arrêt. Un outil qui centralise les absences, les soldes de congés et le calendrier de l’équipe simplifie cette partie, sans dispenser de vérifier les règles de votre convention collective.

Questions fréquentes

Sources

• Arrêt maladie : indemnités journalières (Service-Public.gouv.fr)
• Arrêt de travail pour maladie : indemnités journalières (Ameli)
• Code du travail, article L1226-1 (Code du travail numérique)
• Code du travail, article D1226-2 (Code du travail numérique)
• De nouvelles règles de prescription d’arrêt de travail en vigueur depuis le 1er septembre (Ameli)
• Report des congés payés pour cause de maladie (Code du travail numérique)